機能性RNAの分子生物学 The molecular biology of non-coding RNA
はじめに

第犠蓮ゝ’柔RNA概論

はじめに
1-1. 機能性RNA
1-2. RNA ワールド
1-2-1. RNA ワールドへの道のり
1-2-2. RNA ワールド成立のシナリオの問題点
1-2-3. RNA の触媒機能は自己複製をサポートできるか?
1-2-4. 自然選択によるランダムRNA 配列からのRNA 自己複製体の出現
1-2-5. RNA ワールドにおける翻訳の進化
1-2-6. RNA ワールドの前にはpre-RNAワールドが存在したか?
1-2-7. RNAワールド仮説の今後
おわりに


第蕎蓮RNAの基礎

はじめに
2-1. RNA の化学構造および高次構造
2-1-1. ヌクレオチド、修飾ヌクレオチド
2-1-2. 一次構造から高次構造まで
2-1-3. RNA の構造モチーフ
2-1-4. RNA の構造と機能
2-2. RNA の分子生物学
2-2-1. 古典的な非翻訳RNA
2-2-2. 古典的な翻訳RNA
2-2-3. RNA のプロセシング
おわりに


第珪蓮RNAの解析手法

はじめに
3-1. RNA の生化学的解析手法
3-1-1. 細胞からのRNA抽出、精製、分画
3-1-2. RNA の配列決定
3-1-3. RNAの合成
3-1-4. RNA-タンパク質複合体(RNP)の検出、精製、解析
3-1-5. まとめ
3-2. 構造生物学的手法
3-2-1. X 線結晶構造解析法
3-2-2. NMR法(二次構造解析
3-2-3. NMR法(立体構造解析
3-2-4. NMR法のための安定同位体標識
3-3. トランスクリプトーム解析とNon-coding RNA
3-3-1. 完全長cDNAプロジェク
3-3-2. 大規模な転写解析
3-3-3. RNA の二次構造とnon-coding RNA
おわりに


第絃蓮/十〜数百ntの大きさを持つsmall RNA

はじめに
4-1. 真正細菌のsmall RNA
4-1-1. 大腸菌RNomics
4-1-2. 大腸菌sRNA の分類
4-1-3. cis-encoded antisense sRNA
4-1-4. trans-encoded antisense sRNA
4-1-5. Hfq
4-1-6. 6S RNA
4-2. 真核生物のsmall RNA
4-2-1. snoRNA
4-2-2. U7 snRNA
4-2-3. 7SK RNA
おわりに


第江蓮MicroRNAによる遺伝子発現の制御

はじめに
5-1. miRNAとsiRNA
5-1-1. 線虫の発生とmiRNA
5-1-2. miRNAの生合成
5-2. miRNAの作用機序
5-2-1. RNA 編集によるmiRNAの制御
5-2-2. 生殖細胞とsmall RNA
5-2-3. miRNAの標的となるmRNAとその予測
5-2-4. 形態形成、発生とmiRNA
5-2-5. 癌とmiRNA、その医療応用
5-2-6. 生体防御とmiRNA
おわりに

第詐mRNA型non-coding RNA

はじめに
6-1. mRNA型ncRNA の機能
6-1-1. 遺伝子量補正
6-1-2. bxd RNA によるホメオティック遺伝子の制御機構
6-1-3. steroid receptor RNA activator(SRA)
6-2. mRNA型ncRNA にコードされるペプチド
おわりに


第讃蓮/審棒己における内在性アンチセンスRNA

はじめに
7-1. 哺乳動物におけるアンチセンスRNA研究の歴史
7-2. ゲノム・トランスクリプトームレベルでの内在性アンチセンスRNA解析
7-2-1. センス−アンチセンスの定義
7-2-2. ゲノム解析によるアンチセンスRNA解析
7-3. 機能研究の進んでいる内在性アンチセンスRNA
7-3-1. 哺乳動物におけるX染色体不活性化にかかわるアンチセンスRNA(Tsix)
7-3-2. 哺乳動物のゲノム刷り込み現象にかかわるアンチセンスRNA
7-3-3. シロイヌナズナにおけるRNA干渉と内在性アンチセンスRNA
7-3-4. 分裂酵母における低分子RNAを介した遺伝子発現制御
7-4. 高等動物における内在性アンチセンスRNAのRNA干渉の関係
おわりに


第湿蓮mRNA上の調節機構

はじめに
8-1. mRNAのなかの機能調節エレメント
8-1-1. 真正細菌のmRNAに存在する転写制御エレメント
8-1-2. 真正細菌のmRNAに存在する翻訳制御エレメント
8-1-3. 真核生物のmRNAに存在する機能制御エレメント
8-1-4. ウイルスのmRNAに存在する機能制御エレメント
8-2. IRES
8-2-1. ウイルスのIRES
8-2-2. 細胞性のIRES
8-3. リボスイッチ
おわりに


第従蓮RNAテクノロジー

はじめに
9-1. 医薬品への応用例:アンチセンス法
9-1-1. アンチセンス法の作用機序
9-1-2. アンチセンスの核酸の修飾
9-1-3. アンチセンス核酸の導入法
9-1-4. アンチセンス医薬品
9-2. 試験管内選択法による機能性RNAの創出
9-2-1. アプタマーとSELEX法
9-2-2. SELEX 法の確立
9-2-3. さまざまなSELEX法
9-2-4. アプタマーの特徴
9-2-5. アプタマーの応用
9-2-6. 人工リボザイムの創出
9-3. RNA ナノ構造の構築
9-3-1. RNA モジュールの組合せによる安定なRNA構造のデザイン
9-3-2. RNA 三次相互作用による自己組織型RNA複合体の構築
9-3-3. RNA −ポリペプチド複合型会合体の構築
9-3-4. 新規機能性RNA-ポリペプチド複合体の構築
9-3-5. RNA 構造を部品として遺伝子発現スイッチをデザインする
おわりに


謝 辞

執筆者略歴

立体構造図作成ソフト

索 引

解 説
RNA酵素(リボザイム)の発見
リボソームはRNA酵素だった
ヌクレオチドのコンホメーション
RNA塩基対の命名法
rRNAの修飾とプロセシング
snoRNA の命名法とデータベース
古細菌のsmall RNA
snoRNA と疾患
7SK RNAとTAR RNA:HIV-1ウイルスの戦略
植物のRNAiとノーベル賞
原核生物のRNA干渉―CRISPR システムの発見
mRNA型non-coding RNA という名称について
アンチセンスRNAの定義に関する問題
RACE法
FANTOM Consortium
Arabidopsis におけるDCLタンパク質
ポリアミンとRNA
Macugen
DNAアプタマー
ペプチドのセレクション
シュピーゲルマー(Spiegelmer)
アロステリック・リボザイム

column
RNAワールド仮説成立の歴史を振り返って
tRNA identityと私のアイデンティティー
mRNAの5′末端キャップ構造
シュードノットの遺伝学による発見
miRNAの末端のリン酸化とtRNAのスプライシング
RNA circuit BREAKER? No! Riboswitch!